Struktur Organisasi

a. Kepala Dinas yang membawahi :
    1. Sekretariat Dinas;
    2. Bidang – Bidang;
    3. Unit Pelaksana Teknis;
    4. Jabatan Fungsional.
b. Sekretariat terdiri atas 1 (satu) Sub Bagian :
    1. Sub Bagian Umum dan Kepegawaian
c. Bidang sebanyak 4 (empat) Bidang :
    1. Bidang Tanaman Pangan dan Hortikultura;
    2. Bidang Perkebunan;
    3. Bidang Ketahanan Pangan dan Penyuluhan; dan
    4. Bidang Prasarana Sarana, Pengolahan dan Pemasaran Hasil Pertanian.
d. Kelompok Jabatan Fungsional
   Unit Pelaksana Teknis sebagaimana dimaksud adalah merupakan bagian dari Perangkat Daerah yang bertanggung jawab kepada Kepala Dinas.

Adapun Profil Organisasi UPT tersebut sebagai berikut;
1. Kepala UPT Pengawasan dan Sertifikasi Benih yang terdiri dari :
    a) Kepala Sub Bagian Tata Usaha;
    b) Seksi Pengujian Mutu benih; dan
    c) Seksi Pengawasan Mutu Benih.
2. Kepala UPT Proteksi Tanaman Pangan, Hortikultura dan Perkebunan terdiri dari :
    a) Sub Bagian Tata Usaha;
    b) Seksi Pengendalian Organisme Pengganggu Tanaman; dan
    c) Seksi Pengamatan dan Peramalan Organisme Pengganggu Tanaman.
3. Kepala UPT Perbenihan Tanaman Pangan dan Hortikultura terdiri atas :
    a) Sub Bagian Tata Usaha;
    b) Seksi Produksi Perbenihan Tanaman Hortikultura; dan
    c) Seksi Produksi Perbenihan Tanaman Pangan.
4. Kepala UPT Perbenihan, Kebun Dinas dan Laboratorium Hayati Perkebunan terdiri atas :
    a) Sub Bagian Tata Usaha;
    b) Seksi Pengolahan Laboratorium dan Biopestisida; dan
    c) Seksi Produksi Benih dan Pengolahan Kebun Dinas.